Opiskellessani tässä DNA-sekvensointimenetelmiä tutustuin Sangerin juosteterminaattorimenetelmään ja ällistyin jälleen kerran siitä, kuinka yksinkertaiseen ideaan monet nykytieteen edistyneimmät menetelmät loppujen lopuksi perustuvat.

Vaikka idea on yksinkertainen, ei sitä kuka tahansa olisi keksinyt. Tarvitaan sellaista kekseliäisyyttä, joka kai ilmenee vihaamissani monimutkaisissa ongelmanratkaisutehtävissä.

Sanger oli ensimmäinen kokonaisen genomin emäsjärjestyksen selvittänyt tiedemies, kun hän vuoden 1977 tienoilla sekvensoi erään bakteriofagi-viruksen perimän. Hänen kehittämänsä menetelmä vaatii dideoksinukleotideja, joista en ollut kuullutkaan ennen tätä iltaa :). Ne ovat nukleotideja, joiden sokeriosasta puuttuu paitsi kakkos- myös kolmoshiilestä happiatomi, joten sen kiinnittyminen emäspariinsa estää lisäemästen kiinnittymisen ja juosteen jatkumisen.

Sekvenssi selvitetäänkin sitten ihan elektroforeettisesti, mutta en nyt viitsi selittää koko prosessia. En osaisi selostaa yhtä yksinkertaisesti kuin englanninkielinen Wikipedia.

 
Ahaa, tämän oligonukleotidin emäsjärjestykseen kuuluu mm. pätkä "TAGC". Kuva: John Schmidt.

EDIT (29.9.2008): Heh, nyt ajattelin hieman liian yksinkertaisesti. Jos ylhäällä on molekyylien lähtökuopat, lyhimmät pätkät menevät pisimmälle, eli järjestys on "CGAT". Siis alkuperäisessä juosteessa on ollut sekvenssi "ATCG" suunnassa 3'→5', jos oikein tulkitsen.

PCR:n alkuaikoina muuten oli hankalaa, kun aina liuoksen lämpötilaa nostettaessa DNA-polymeraasi denaturoitui, osin irreversiibelisti (luennolla kerrottiin). Miten tämä ongelma siis ylitettiin? Keksittiin käyttää Islannin kuumissa lähteissä elävien arkkibakteerien polymeraasia!

En ole päivitellyt blogiani aikoihin erinäisistä syistä. Yksi niistä on, että minulle läheinen ihminen kuoli joitain viikkoja sitten. En kuitenkaan halua kertoa siitä sen enempää, kun bloggaamiseni yksityiselämästäni on muutenkin sen verran pinnallista. Siirrytäänpä siis kirja-arvosteluun.

Kuolemasta tuleekin tarinan edetessä viimeisen Harry Potter -kirjan pääasiallinen teema. Kirjassa käydään mitä jännittävimmissä paikoissa ja palataan moneen sivuhenkilöksi jääneeseen hahmoon sellaisella paneutuvuudella, että monta heistä ei voikaan enää sanoa sivuhenkilöksi. Kirjan entistä värikkäämmät ja tunnelmallisemmin kuvatut toimintaosuudet herättävät kysymyksen, onko Rowling ajatellut kirjaa kirjoittaessaan jo elokuvasovitusta.

Joku Potter-faneista on jo edellistä kirjaa lukiessaan saattanut tajuta suuren loppuratkaisun, mutta valtavaa yhdistelykykyä ja näkemystä sellainen olisi vaatinut. Itselleni koko juttu oli niiiin ennalta-arvaamattomissa... Harryn {deus ex machina -tyyppinen pelastus} kirjan lopun lähestyessä tuntui hieman käsittämättömältä, mutta teki tietysti mahdolliseksi suuren loppuhuipennuksen.

Potter-sarja on vain parantunut osa osalta, eikä päätösosa ole pettymys! Rowling on muistaakseni kertonut, ettei kirjoita enempää Pottereita mutta saattaisi silti kirjoittaa jostakusta muusta velhomaailman hahmosta. Se voisi olla mielenkiintoista.